许多患有子宫内膜异位症的女性都会担心她们是否能够顺利怀孕和生育。
如果梗阻和阻塞是唯一的问题，那么进行一次简单的手术可能会更容易成功。但是生殖器官及其周围的异位子宫内膜组织会单独引发一系列问题，扰乱生殖器官正常的化学状态。例如，手术会扰乱有助于生育的微妙的激素平衡，改变容易使卵子受精的化学物质。
许多专家认为，体外受精（IVF）对患有严重子宫内膜异位症的女性，尤其是盆腔粘连严重的子宫内膜异位症女性患者会有所帮助。但是对于轻度子宫内膜异位症的女性而言，仍然没有明确的共识。将体外受精（IVF）与激素使用如亮丙瑞林（Leuprolide）相结合，可能会有所帮助，但Palo Alto医学基金会体外受精（IVF）项目的ARC生殖医学主任，生殖内分泌学专家，外科医生G. David Adamson博士说道，研究人员仍在努力，力图了解子宫内膜异位症女性患者应该服用这种有效药物的时间是多久。
为了做好子宫内膜异位症患者能够怀孕的准备，医生可能会开始对患者体内的激素和其他化学物质进行评估。像腹腔镜、宫腔镜和子宫输卵管造影等诊断性检查也有助于了解情况到底如何。
在生育药物、手术、体外受精（IVF）和其他一些辅助生殖技术当中要做出好选择并不是一件容易的事情。生育治疗费用极其昂贵，且不会是完全在医疗保险范围之内。一些治疗方案对某些子宫内膜异位症女性患者来说是合适的，但对其他人而言未必如此。
选择是否追求子宫内膜异位症怀孕是一个非常私人的决定，这取决于多种因素，包括疾病的严重程度和患者的年龄。这些因素会影响子宫内膜异位症患者卵子的质量和数量，即使不会使子宫内膜异位症的并发症有所增加。
子宫内膜异位症患者的决定还可能会受到遗传因素的影响。尽管大多数患有子宫内膜异位症的女性都有胎儿停止发育的经历，但研究结果仍然显示，母亲患有子宫内膜异位症的女性，她本身罹患子宫内膜异位症的风险或有所增加。研究人员还不知道两者之间存在的这种关联是遗传的结果还是与环境因素有关，抑或者两者都有。
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